Die Ereignisse von Alcatraz liegen nun schon 6 Monate zurück. Dennoch sind die Wunden der Verluste noch tief. Sowohl X-Men als auch Bruderschaft haben große Lücken in ihren Reihen zu verbüßen. Xavier's School for Gifted Youngsters öffnete für ein neues Schuljahr ihre Pforten, doch der X-Jet hatte vorerst seinen letzten Einsatz geflogen. Die Bruderschaft verschwand 3 Monate völlig von der Bildfläche, doch dies war nur die Ruhe vor dem Sturm.

Die Bevölkerung rebellierte gegen eine mutantenfreundliche Regierung, deswegen wurde das Staatsoberhaupt durch David Grimm ersetzt, einen bekennenden Mutantengegner. Bald darauf folgten Gesetze die Mutanten für vogelfrei erklärten. Es begannen Hetzjagten die an die damalige Hexenverfolgung erinnerten. Kurz nach dem ersten Bericht über die Prozesse gegen Mutanten, meldete sich jedoch auch die Bruderschaft zurück. Einige Menschen die sich verstärkt gegen die Mutanten einsetzten, wurden tot aufgefunden. Am selben Abend stand im Himmel eine Botschaft aus Flammen, welche fast in allen Teilen New Yorks zu lesen war The Brotherhood is back. Dies rüttelte auch die Bewohner der Schule wieder wach. Storm und Beast sorgen nun dafür das vermehrt X-Men ausgebildet werden. Doch die Bruderschaft und die Regierung scheinen nicht mehr ihre einzige Sorge zu sein. Vor einer Woche tauchten die ersten Meldungen auf, dass Mutanten ohne äußere Gewalteinwirkung verstorben seien. Augenzeugen sagten, dass sie einfach krank aussahen.